南京被称为玄武城的原因有以下几点：

1. 传说中的玄武：玄武是中国传统神话中的四灵之一，代表着北方的神兽。相传玄武居住在南京，因此南京被称为玄武城。

2. 玄武山：南京市区内有一座名为玄武山的山丘，位于南京市中心，它是南京的标志性地物之一。玄武山是中国四大佛教名山之一，也是南京重要的风景名胜区。由于玄武山的存在，南京也被称为玄武城。

3. 玄武湖：玄武湖是南京市区内的一片湖泊，是南京的重要水体之一。玄武湖是南京市的地理中心，也是南京市区内的众多湖泊中最大的一个。玄武湖的存在也是南京被称为玄武城的原因之一。

综上所述，南京被称为玄武城是因为传说中的玄武，以及南京市区内的玄武山和玄武湖等地标的存在。