淘宝违约金会直接从店铺保证金里扣除的。扣除以后，保证金就不够了，商家必须要补缴保证金，如果没有及时将保证金补全的话，店铺商家就无法正常在淘宝出售商品了。 在淘宝开店商家要严格遵守平台的规定，对于消费者给出的承诺也要不打折扣的完成，不然就容易出现违规的行为。

如果商家出现了违约的情况，就会被平台处罚缴纳违约金，有些商家不愿意缴纳违约金，那这笔钱会从支付宝里面扣