绿头鸭作为水鸟的典型代表，其保护工作主要由当地林业主管部门负责。这些部门负责林业及生态保护修复的监督管理，拟订林业及生态保护修复的规划并组织实施。

此外，为了加强对候鸟及其栖息地、停歇地、繁殖地的保护力度，公安机关环食药侦部门也会联合检察院、林业、交通运输、市场监督等相关部门制定联席机制，合力重拳震慑，打击非法猎捕等行为。

如需了解更多关于绿头鸭保护部门的信息，建议查阅政府机构网站或咨询相关政府部门。