独立电梯厅有电井和水井是一种常见的建筑设计问题，需要采取合适的措施以确保安全。

首先，要进行充分的规划和设计，确定电井和水井的位置，避免它们与电梯井的位置重合。

其次，应在电井和水井周围设置防护措施，如加装护栏和安装警示标志等，以确保人员和设备的安全。

另外，要定期进行检查和维护，确保电井和水井的设施完好，防止因设备故障而引发安全问题。

最后，要加强人员的培训和安全意识，做好安全防范工作，确保电梯的正常运行和人员的安全。