菲律宾申请广州签证被拒主要原因有以下几点：

1、申请人没有提供足够的材料，或材料不真实；

2、申请人条件不符合签证要求；

3、申请人预订的出行计划不合理或有疑点；

4、安全风险较高，如有犯罪记录或与恐怖主义有联系；

5、签证官对申请人资金来源和真实意图产生怀疑。因此，申请人在准备签证材料时应当充分考虑这些因素，并提供真实、详尽、有根据的材料，以确保申请成功。