区别在于：

指向不同，

概念不同，

用处不同，

意思不同等。

系是属于，包括，包含，归属的意思，比如说她系某的属下，或者是大学里的一个专业。

而是是判断肯定词，表示肯定的意思，意思表示确实是，就是的意思，所以二者所指不同，用处不同，有关系也有区别。