种果树补贴归哪个部门管理取决于不同地区的情况。在山东多数县区，果树补贴归县农业局（果树站）管理。有的县区（如菏泽市）则属于林业局管理。此外，有的县区属于果树局或果树中心管理。具体管理部门可能因地区政策有所不同，建议您咨询当地有关部门了解详细情况。