有区别，区别在于，MES和SaaS在多个方面存在显著区别。MES系统是一种针对企业制造执行层面的综合性系统，涵盖了生产调度、产品追踪追溯、库存管理等核心功能，它通常部署在企业本地服务器上，可以根据企业需求进行定制化开发，企业对数据拥有较高的掌控权。

而SaaS则是一种软件即服务的模式，通过互联网提供软件服务，数据保存在软件供应商的云端环境中，企业无需承担软件维护的工作，且可以按照需求灵活付费。因此，MES和SaaS在部署方式、数据掌控、成本投入等方面都有明显的不同。