果汁里面基本不含水果中的纤维素，捣碎和压榨的过程使水果中的某些易氧化的维生素被破坏掉了;水果中某种营养成分(例如纤维素(纤维素食品))的缺失会对整体营养作用产生不利的影响;在果汁生产的过程中有一些添加物是必然要影响到果汁的营养质量的，像甜味剂、防腐剂、使果汁清亮的凝固剂、防止果汁变色的添加剂等;加热的灭菌方法也会使水果的营养成分受损。