根据提供的信息，农村集体用地上的建筑物能否办理房产证取决于多个因素：

建筑物性质：如果是在农村集体用地上建设的是村民住房，那么根据《房屋登记办法》第十条的规定，这些房屋应以宅基地上独立的建筑或套、间等有固定界限的部分作为基本单元进行登记。

合法性：要办理房产证，除了需要有合法的集体土地使用证之外，通常还需要有相应的建房许可。如果没有合法的建设许可，是不能办理房产证的。

登记流程：即使满足了上述条件，办理房产证的过程仍然包括一系列的申请程序，包括但不限于填写申请表、提供身份证明、土地使用权证明或集体所有建设用地使用权证明、房屋的合规性证明（如符合城乡规划）、房屋测绘报告或村民住房平面图以及其他必要的文件。

综上所述，农村集体用地上的商业用房在没有合法的建设许可的情况下，是不能直接办理房产证的。此外，即使具备了合法的建设许可，也需要遵循相关的登记流程才能完成房产证办理。