衢州孔庙和嘉定孔庙在规模、历史背景、建筑风格和文化意义上有所不同。

首先，从规模上看，衢州孔庙和嘉定孔庙的占地面积和建筑面积大小不一。衢州孔庙占地面积约为14000平方米，建筑面积为7490平方米，而嘉定孔庙占地1.13万多平方米，建筑面积未提供具体数据。

其次，两座孔庙都有着不同的历史背景和建筑风格。衢州孔庙，位于浙江省衢州市柯城区府山街道新桥街中段北侧，是中国仅有的三座孔氏家庙之一，素称“南宗”。该庙始建于北宋末年，金兵南侵时，宋高宗赵构仓促南渡，建都于临安，孔子第48代裔孙孔端友，负着孔子和孔子夫人的楷木像，离开山东曲阜，南迁至此，后敕建孔氏家庙，为宗庙。而嘉定孔庙，又名学宫，位于上海市嘉定区南大街183号，始建于南宋嘉定十二年（1219年），已有800多年的历史。

最后，两座孔庙都具有极高的文物价值。衢州孔庙是衍圣公南迁后祭祀孔子先圣的地方，具有重要的历史地位和极高的文物价值。而嘉定孔庙是教化嘉定的源头和载体，在800年的风雨历程中，这里走出了7000多名秀才、500多名举人，192名进士（其中3名状元），还培养了一批学术大师和文化精英。

总的来说，衢州孔庙和嘉定孔庙在规模、历史背景、建筑风格和文化意义上各有特色。