梅干菜通常使用江左芥菜或者药材芥菜进行制作。江左芥菜又称京芥菜，产于浙江、江苏、上海等地，味道较为清香，口感较为脆嫩。

药材芥菜则是指生长在山区，被采用制作中药和调料的芥菜品种，口感略带苦涩，但营养价值较高。在制作梅干菜的过程中，应选择外观完整、新鲜的芥菜进行加工，使梅干菜口感更佳，风味更加浓郁。