夫子庙游船东线和西线的区别在于游览的路线和景点不同。

具体来说，东线游览的景点包括夫子庙、扬州瘦西湖、五云山、瘦西湖春秋淼、赵家花园等，主要以游览历史名胜和园林为主。

而西线游览的景点则包括夫子庙、瘦西湖南门、护江门、小仓山洞天仙境、扬州大明寺等，主要以游览风景区和寺庙景点为主。

如果想更全面地游览扬州的文化和自然景观，建议游客可以选择东线和西线都进行游览。

或者根据自己的兴趣和时间，在两条线路中选择一条适合自己的线路进行游览。