上海灵活就业缴费绑定自动扣款的操作方式如下：

登录上海市税务局网站，进入“网上办事大厅”。

在“网上办事大厅”中选择“个人社保费代扣代缴”。

进行注册并登录，添加需要自动扣款的灵活就业人员信息。

确认自动扣款信息并提交，完成绑定。

请注意，以上操作方式仅供参考，如需了解更多信息，请咨询相关机构。