应由农业农村部门负责，虽然土地流转了，但农田道路属于农业基础设施之一，还包括排灌渠、设施用电等，都属于改善生产条件的基础设施，都应由农业部门逐一规划并付诸实施，从而使土地流转后农业提质增效。