是的，公司自有大型货车也需要营运证。根据《道路运输条例》规定，凡是从事公路运输的车辆，无论是公司自有还是个人私有，都必须持有相应的营运证，才能合法运营。营运证是国家对公路货运行业管理的一种制度性规范，它可以保障道路运输的安全、经济和有序，确保货物安全快速的到达目的地。因此，公司自有大型货车也必须按照规定申请营运证才能合法运营。