有区别，区别在于，柳工906e农机版和工程版是两种不同配置的柳工906e挖掘机型号。

农机版是为农田、农村等农业用途设计的。它通常配备一些特殊的农业工具和设备，如深松机、深耕机、收割机等，以满足农业生产的需求。农机版的机身结构和技术参数可能会有所调整，以适应农业作业的特殊要求。

工程版是主要用于工程建筑和土方作业的。它通常配备标准挖掘斗、破碎锤等工程施工所需的工具和设备。工程版的配置和技术参数可能会更加注重挖掘深度、功率等方面的要求，以适应各种土方作业的需要。

总的来说，柳工906e农机版和工程版的区别主要体现在配置的不同，以适应不同的工作场景和需求。