厦门大学博伊特勒书院的缺点可能包括以下几个方面：

首先，该书院的学生招生范围比较窄，只招收理工科和数学专业的优秀学生，对其他专业的学生不太友好。

其次，该书院的课程设置过于注重理论知识，对实践能力的培养较为欠缺。

另外，该书院的学习氛围相对较为封闭，与其他学院之间的交流相对较少。但总体来说，博伊特勒书院仍然是一个优秀的学院，能够为学生提供高质量的学术资源和丰富的学习体验。