在上海，包工头可以选择注册个体或注册公司，这取决于他们的业务规模和需求。

如果包工头只是进行小规模的建筑劳务承包，注册个体可能更为合适，因为手续相对简单，成本较低。然而，如果业务规模较大，或者希望拓展更多业务领域，比如承接更大规模的工程项目、进行招标等，那么注册公司可能更为合适。因为公司具有法人资格，可以更好地保护个人资产，并且能够享受更多的税收优惠政策。

总之，包工头在选择注册方式时，需要根据自身实际情况和需求进行综合考虑。无论选择哪种方式，都需要遵守相关法律法规，确保合法经营。