在海口市禁区，42米蓝牌小货车需要办理通行证才能进入。根据相关规定，禁区内的车辆需要提前申请通行证，经过批准后方可进入。通行证是为了控制车辆数量，保障禁区内的交通安全和秩序。未经允许擅自进入禁区的车辆将被查处，并可能面临罚款或其他处罚。

因此，为了避免违规行为和不必要的麻烦，42米蓝牌小货车在海口市禁区内务必办理通行证才能合法通行。