在“red”、“apple”和“orange”这三个单词中，发音不同的是“apple”。

具体来说，单词“red”中的“e”发的是音标/e/，而单词“orange”中的“e”没有发出任何音标，即它是哑音。单词“apple”中的“e”也是不发音的。

因此，虽然“apple”和“orange”中的“e”都不发音，但“red”中的“e”发音，所以“red”的发音与“apple”和“orange”不同。